Hình thức phối hợp có thể là ban hành văn bản liên tịch giữa Chánh án Tòa án nhân dân tối cao và Bộ trưởng Bộ Quốc phòng; cung cấp thông tin, tài liệu; trao đổi ý kiến, tổ chức cuộc họp hoặc làm việc trực tiếp; thông báo bằng văn bản hoặc kiểm tra công tác tổ chức cán bộ của Tòa án quân sự các cấp.

Hai bên sẽ phối hợp trong công tác tổ chức bộ máy, biên chế, nhân sự của các tòa án quân sự; công tác điều động, luân chuyển cán bộ Tòa án quân sự; cử, miễn nhiệm, bãi nhiệm Hội thẩm quân nhân và dự toán kinh phí hoạt động của các Tòa án quân sự. Khi cần thiết, Tòa án nhân dân tối cao và Bộ Quốc phòng trao đổi, phối hợp về các nội dung khác trong việc quản lý các Tòa án quân sự về tổ chức.

Quy chế nêu rõ: trong công tác tổ chức bộ máy, biên chế, nhân sự của các Tòa án quân sự, Chánh án Tòa án nhân dân tối cao trao đổi, phối hợp với Bộ trưởng Bộ Quốc phòng trước khi trình Quốc hội phê chuẩn đề nghị bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao đảm nhiệm chức vụ Chánh án Tòa án quân sự trung ương là Phó Chánh án Tòa án nhân dân tối cao; Trình Ủy ban thường vụ Quốc hội cử đại diện lãnh đạo Bộ Quốc phòng làm Ủy viên Hội đồng tuyển chọn, giám sát Thẩm phán quốc gia; Trình Chủ tịch nước bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Chánh án Tòa án quân sự trung ương và Thẩm phán các Tòa án quân sự; Quyết định đại diện lãnh đạo Bộ Quốc phòng là Ủy viên Hội đồng thi tuyển chọn Thẩm phán sơ cấp, Thẩm phán trung cấp, Thẩm phán cao cấp.

Chánh án Tòa án nhân dân tối cao thống nhất với Bộ trưởng Bộ Quốc phòng trước khi: trình Ủy ban thường vụ Quốc hội quyết định thành lập, giải thể Tòa án quân sự quân khu và tương đương, Tòa án quân sự khu vực và quy định về phạm vi thẩm quyền xét xử theo lãnh thổ của mỗi Tòa án quân sự; Trình Ủy ban thường vụ Quốc hội quyết định số lượng Thẩm phán, cơ cấu tỷ lệ các ngạch Thẩm phán tại mỗi cấp Tòa án quân sự và tổng biên chế của Tòa án quân sự;  Quyết định thành lập và quy định nhiệm vụ, quyền hạn của bộ máy giúp việc trong các Toà án quân sự; Quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Phó Chánh án Tòa án quân sự trung ương; Chánh án, Phó Chánh án Tòa án quân sự quân khu và tương đương; Chánh án, Phó Chánh án Tòa án quân sự khu vực; Quy định biên chế và quyết định phân bổ biên chế, số lượng Thẩm phán của các Tòa án quân sự.

Trong công tác điều động, luân chuyển Thẩm phán Tòa án quân sự; cử, miễn nhiệm, bãi nhiệm Hội thẩm quân nhân và dự toán kinh phí hoạt động của các Tòa án quân sự thì Bộ trưởng Bộ Quốc phòng thống nhất với Chánh án Tòa án nhân dân tối cao trước khi: Điều động, luân chuyển Thẩm phán từ Tòa án quân sự này đến làm nhiệm vụ tại Tòa án quân sự khác; Hướng dẫn việc cử, miễn nhiệm, bãi nhiệm Hội thẩm quân nhân Tòa án quân sự quân khu và tương đương, Tòa án quân sự khu vực.

Nghị quyết ban hành Quy chế phối hợp giữa Tòa án nhân dân tối cao và Bộ Quốc phòng trong việc quản lý các Tòa án quân sự về tổ chức sẽ có hiệu lực từ ngày 01 tháng 3 năm 2017. Nghị quyết này thay thế Nghị quyết số 134/2002/NQ-UBTVQH11 ngày 04 tháng 11 năm 2002 của Ủy ban thường vụ Quốc hội về việc ban hành Quy chế phối hợp giữa Tòa án nhân dân tối cao và Bộ Quốc phòng trong việc quản lý các Tòa án quân sự về tổ chức.

+ Tổng thư ký Quốc hội Nguyễn Hạnh Phúc cũng cho biết, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cũng đã ký ban hành Nghị quyết số 334/2017/UBTVQH14 của Ủy ban thường vụ Quốc hội về ban hành Quy chế tổ chức thực hiện một số hoạt động giám sát của Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội, Hội đồng dân tộc, Ủy ban của Quốc hội, Đoàn đại biểu Quốc hội và đại biểu Quốc hội; Nghị quyết 343/2017/UBTVQH14 quy định về lập, thẩm tra, quyết định kế hoạch tài chính 05 năm quốc gia, kế hoạch đầu tư công trung hạn 05 năm quốc gia, kế hoạch tài chính ngân sách nhà nước 03 năm quốc gia, dự toán ngân sách nhà nước, phương án phân bổ ngân sách Trung ương và phê chuẩn quyết toán ngân sách nhà nước hàng năm.